Лёгкие учебно-тренировочные самолёты Як-11 появились на вооружении ВВС Египта в конце 1955 года, когда партия из 35 этих машин была заказана в Чехословакии на заводе LET (выпуск осуществлялся по лицензии, под индексом С-11). Основным получателем новых самолётов стала военно-воздушная академия в Бильбейсе. Наличие встроенного вооружения из одного пулемёта УБС калибра 12.7-мм и двух узлов подвески для легких бомб позволяли полноценно использовать Як-11 для подготовки будующих боевых лётчиков. По  свидетельству египетских ветеранов самолёт стал лётной партой для многих поколений авиаторов и получил прозвище «Русский Харвард». В 1960 году из Чехословакии прибыла дополнительная партия, сделав Як-11 самым массовым поршневым учебным самолётом (кроме него Египту поставлялись Як-18 и Zlin-326).
Очень скоро этой учебной машине пришлось "понюхать пороху". 26 сентября 1962 года в Королевстве Йемен произошла революция, свергнувшая монархический режим, но сторонники свергнутой монархии не собирались прекращать сопротивление и получив поддержку от Великобритании, а так же других прозападных стран имевших интересы в регионе, захватили часть территории страны. В Йемене началась гражданская война. Президент египта Нассер в свою очередь решил поддержать молодую Арабскую Республику и направил в Йемен войска для защиты «достижений революции». Таким образом, египтяне стали первыми воинами-интернационалистами ближнего востока. 
В Йемене египетское командование обнаружило полное отсутствие аэродромной инфраструктуры. Всё что удалось сделать на первом этапе – это подготовить грунтовые посадочные площадки в Сане и Ходейде, пригодные для посадки транспортных самолётов Ил-14 и Ан-12. От применения реактивных истребителей и бомбардировщиков пришлось временно отказаться. Но египетский контингент войск в боях с «роялистами» остро нуждался в поддержке с воздуха, поэтому было решено отправить в Йемен эскадрилью Як-11, способных взлетать с коротких, плохо подготовленных площадок. Конечно, один пулемет и лёгкие бомбы были слабым оружием, но другого выбора небыло. С первых недель боёв Як-и обеспечивали непосредственную поддержку своих войск с воздуха, сопровождение колонн и воздушную разведку, сыграв значительную роль в борьбе с партизанскими отрядами «роялистов». В ходе боевых вылетов использовались не только легкие бомбы, но и неуправляемые реактивные снаряды «Сакр». Партизаны, не имевшие в своём арсенале зенитных средств, противодействовали воздушным налётам огнем стрелкового оружия, который иногда был эффективным против лёгких поршневых самолётов, и несколько Як-11 было сбито или повреждено огнём с земли за время боевых действий. Со временем в Йемене подготовили аэродромы с искуственной ВПП и в страну прибыли реактивные МиГ-17, МиГ-19 и Ил-28, вытеснившие Як-11 с роли ударного самолёта. Тем не менее «Русские Харварды» применялись до полного вывода контингента, а количество их даже возрасло с 12 в начале войны до 20 в конце. После окончания Йеменской эпопеи Як-11 оставались на вооружении до конца 1970-х годов, а затем были складированы в ангаре на одной из авиационных баз. В 1980-х годах французы обнаружили этот ангар и договорились с египетским правительством о покупке около 40 списанных самолётов. В настоящее время многие из них реставрированы, проданы частным владельцам и летают по всему миру.

Наиболее известными инцидентами с самолётами Як-11 за время эксплуатации в ВВС Египта стали:

19 января 1961 года лётчик-инструктор воздушной академии капитан Мохаммед Аббас Хелми совершил побег на самолёте Як-11 №590 в Израиль. Взлетев с аэродрома в Бильбейс, он пересёк Синай и совершил посадку в 10:15 на аэродроме Хацор. Во время побега его встретили два египетских МиГ-17, лётчики которых знаками  пытались показать Хелми направление на египетский аэродром, считая что он просто сбился с пути. Весь полёт длился 80 минут. Этот случай стал единственным умышленным побегом в истории ВВС Египта.

15 марта 1966 года курсант Магди Мангуб совершавший высший пилотаж на Як-11 №557 потерял контроль над самолётом и столкнулся с жилыми домами в Каирском микрорайоне Замалек. В последний момент лётчику удалось направить машину в промежуток между многоэтажками, в результате они получили минимальные повреждения, а погиб только сам Мангуб.