27 марта 1990 года в аэропорту Кабул днем при заходе на посадку по схеме высокогорного аэродрома с ограниченными воздушными подходами в условиях ведения боевых действий потерпел катастрофу самолет Ил-76МД СССР-78781 Узбексого УГА. Экипаж сводного авиаотряда выполнял рейс Ташкент – Кокайды – Кабул по перевозке авиатоплива. Взлетная масса и центровка не выходили за установленные пределы. Полет Кокайды – Кабул выполнялся на эшелоне 8250 метров без отклонений. Не работали оба МС-61.
По данным МСРП-64 экипаж при заходе по схеме Кабула с убранной механизацией и выпущенными шасси не выполнил требования дополнения к инструкции по эксплуатации самолета Ил-76МД (ИЛЭ-76МД) от 31.12.1985 года по выдерживанию допустимых скоростей при маневрировании с углами крена 30…45 град. На схеме с ограниченными подходами, допустил уменьшение скорости на 110…120 км/ч менее минимальной и вывел самолет за критические углы атаки.
Экипажем не были выполнены действия по выводу самолета путем отдачи штурвала «от себя» и перевод на снижение. На высоте Н=4800 метров (Нпрев.=3000 метров) в облаках самолет вошел в крутую нисходящую спираль с вращением вокруг продольной оси, на удалении 7,6 км (Аз=74) от КТА столкнулся с землей, разрушился и сгорел. Пять членов экипажа, два бортоператора и два специалиста АТБ погибли.
Фактическая погода в момент АП была: облачность 3.8 балла на высоте 900 метров, видимость более 10 км, ветер северный 4 м/сек, давлении 615 мм рт, ст., температура +7 С, влажность 60 %.
Сваливание самолета в процессе маневрирования произошло в результате сочетания следующих факторов:
- не выдерживание экипажем режимов полета по скорости, рекомендованных ИЛЭ-76;
- недостаточный контроль членов экипажа за определяющими параметрами полета;
- отсутствие навыков пилотирования самолета на больших углах атаки, пилоты не смогли распознать выхода на критические углы атаки;
Необходимость маневрирования по схеме снижения в условиях боевых действий на режимах, близких к летным ограничениям и наличие трех самолетов, следующих в облаках с малыми интервалами без соответствующего радиолокационного контроля, создали сложную обстановку для экипажа, которая усугубилась после сообщения диспетчера о необходимости временного прекращения снижения в связи со взлетом самолета Ан-32, что привело к изменению сложившегося стереотипа действий у экипажа.
Действия экипажа по выдерживанию скорости полета менее рекомендованной ИЛЭ-76МД могли быть обусловлены:
- стремлением не допустить выход самолета за охраняемую зону аэродрома;
- недооценкой возможного выхода самолета на опасный режим сваливания;
- экипаж мог забыть в условиях дефицита времени, что механизация была убрана.

23 мая 1990 года, в районе кишлака Момо-Калай, сосредоточенным огнем стрелкового оружия сбит вертолет Ми-8 ВВС ДРА. Экипаж из трех человек погиб при падении машины.

10 июня 1990 года потерпел катастрофу самолет МиГ-21бис 322-го иап ВВС ДРА (Баграм). Летчик к-н Мохеб Лагмани ведущим в составе пары выполнял боевое патрулирование над городом Кабул. После выполнения боевой задачи, в процессе захода на посадку, к-н Мохеб выполнил проход над жилыми кварталами 3-го микрорайона, где проживал сам. Потеряв контроль за скоростью и высотой, лётчик вывел машину на срывной режим и зацепил крышу пятиэтажки в бывшем "советском городке" (Микрорайон 1, дом №28). В последний момент летчик пытался катапультироваться, но парашют не успел штатно раскрыться. Погиб. На месте падения начался пожар, осложнявшийся разлетом во все стороны пиропатронов блоков АСО, которыми был оснащен упавший МиГ. Пожарным, прибывшим на место через несколько минут, удалось локализовать огонь. На земле погибли 6 жителей дома.

22 июля 1990 года над провинцией Пактия сбит транспортный Ан-32 ВВС ДРА, управляемый экипажем КК Абдула Сами. Самолет совершал транспортно-связной рейс по маршруту Кабул - Хост. При заходе на посадку один из двигателй был поражен ракетой ПЗРК, после чего самолет потерял управляемость и разбился в районе аэродрома Хост. Экипаж и находившиеся на борту пассажиры погибли. Среди пассажиров был командир гарнизона Хост, бывший нач.политотдела 25-й дивизии, бригадный генерал Абдул Рахман (посмертно он был удостоен звания генерал-майор).

24 октября 1990 года у населенного пункта Калат огнем стрелкового оружия сбит вертолет Ми-35 ВВС ДРА. Экипаж в составе двух человек погиб.

27 октября 1990 года в районе н.п. Азра, провинции Логар, отрядом полевого командира Дильдара сбит самолет МиГ-21 ВВС ДРА. Летчик погиб.

31 марта 1991 года захват противником вертолета Ми-35 ВВС ДРА. Вертолет, в исправном состоянии, был захвачен моджахедами на аэродроме Хост. Среди 25 летательных аппаратов, брошенных на летном поле, исправным был только этот Ми-35, остальные машины находились в разукомплектованном или полностью разрушенном состоянии (фактически тут был потерян целый полк ВТА Ан-32! бортовые номера Ан-32: №280, 285, 288, 289, 293, 294, 301, 302, 303, 307, 309, 310, 312, 315, 316, 321, 322, 323, 324, 328, 331, Ан-26 №232, 235, корпус вертолета Ми-8Т №601). Кроме того на летном поле "старого аэродрома", уже не действовавшего, находился разбитый остов самолета Ан-12 и аварийно севший там без шасси Су-22.

29 мая 1992 года самолёт Ту-154М YA-TAD а/к "Ариана" был обстрелян силами Хезб-и-Ислами во время посадки в аэропорту города Кабул. На борту лайнера возвращавшегося из Пакистана находился временный президент афганистана Сибхатулла Моджадиди, пришедший к власти после падения коммунистического режима Наджибуллы, и около 70 его сторонников. Засаду устроили боевики Хезб-и-Ислами, подчинявшиеся Гульбеддину Хекматиару. Они разместили севернее ВПП бортовой грузовик с установленной на нем зенитной установкой (произвёл около 30-40 выстрелов) и выпустили по самолёту три гранаты РПГ. Один из выстрелов гранатомёта разорвался на ВПП перед носовой частью садившегося Ту-154, осыпав его осколками. В результате был сорван обтекатель РЛС "Гроза" и повреждена носовая стойка шасси, второй пилот получил осколочные ранения в руку. Тем не менее командир сумел удержать лайнер в створе полосы до полной остановки. Кроме второго пилота никто не пострадал. Самолёт больше не летал и был уничтожен в результате очередного ракетного обстрела аэропорта 1-го августа 1992 года.

27 августа 1992 года при эвакуации Российского посольства из Кабула потерян самолет Ил-76 RA-78780 110-го втап. Во время выруливания на взлет транспортный "Ил" майора А.Малова был поражен близким разрывом реактивного снаряда и загорелся. Из состава экипажа получил ранение в голову старший борттехник А.Показаньев и ранение в ногу борттехник капитан В.Бессараб. Оба не покинули свои рабочие места до полной эвакуации пассажиров. Всех находившихся на борту забрал самолет подполковника А.Копыркина, прекратившего взлет. Третий самолет командира полка полковника Е.Зеленова в это время уже взлетел и кружил над Кабулом наблюдая за развитием ситуации. Всех сотрудников посольства эвакуировать в этот день не удалось, несколько позже оставшиеся перелетели в Мазари-Шариф на самолетах Ан-32, предоставленных генералом Абдул Маджидом, а оттуда пересекли границу наземным путем.

8 сентября 1992 года на авиабазе Мазари-Шариф разбился истребитель МиГ-21.

10 февраля 1993 года произошла авария самолета Ан-12БК №390 ВВС Дустума. После заключения мирного соглашения силы генерала Дустума покинули столицу Афганистана. Для эвакуации войск на север страны использовалась подконтрольная генералу авиация. Экипаж этого Ан-12 осуществлял перевозку более ста вооруженных людей по маршруту Баграм - Мазари-Шариф. Взлет был произведен в сумерках, с задержкой из-за вялотекущих боевых действий, в результате чего к пункту назначения самолет вышел уже в полной темноте. Из-за отсутствия радисвязи и свето-технического обеспечения экипаж не смог найти ВПП аэродрома назначения и продолжал кружить в районе, пытаясь связаться с КДП. Когда на борту остался лишь аварийный остаток топлива, командир принял решение следовать на территорию Узбекистана и совершить там аварийную посадку. При заходе на посадку в аэропорту г. Термез горючее кончилось и самолет, чудом проскочив железнодорожную насыпь, сел на фюзеляж не долетев до полосы. На борту, по счастливой случайности, никто не пострадал.

27 апреля 1993 года потерпел катастрофу самолет Ан-32 ВВС Дустума. Во время транспортного рейса Кабул - Мазари-Шариф экипаж попал в сложные метеоусловия, но все же приступил к снижению для посадки, после чего связь с ним пропала. Обломки самолета найдены через два дня на склоне горы около н.п.Ташкурган. Все находившиеся на борту 76 человек погибли. Среди погибших был командир транспортной авиации генерал Мохаммад эс Хак и 15 членов молодежной спортивной команды направлявшиеся для празднования годовщины падения просоветского режима. Утром этот же экипаж пытался выполнить рейс в Мазари-Шариф, но из-за погоды был вынужден вернуться в Кабул, а вечером разбился...

5 января 1994 года потерпел катастрофу вертолет Ми-17 ВВС Дустума перевозивший группу старших офицеров во главе с генералом Моменом из Кабула в Хайратон. Вертолет упал на взлёте, после промежуточной посадки на аэродроме Дехдади, а все находившиеся на его борту погибли.

12 января 1994 года, около 16:00 местного времени, истребитель-бомбардировщик Су-22м-4к ВВС Дустума, наносивший удар по авиабазе Баграм был сбит перехватчиком МиГ-21бис ВВС Исламского Государства Афганистан (силы Раббани). Летчик пилотировавший его был бывшим командиром полка ВВС ДРА на авиабазе Шинданд Генерал Абдул Басир, он успел катапультироваться и попал в плен. После этой потери ВВС Дустума прекратили налеты до 23-го января.

30 января 1994 года самолеты Су-22м-4к ВВС Дустума (авиабаза Мазари-Шариф) нанесли ряд бомбовых ударов по правительственному району города Кабул. Одна из бомб накрыла многоэтажку в 4-м микрорайоне. На перехват из Кабульского аэропорта были поднят истребитель МиГ-21бис ВВС Исламского Государства Афганистан (силы Раббани), которыму удалось нагнать вражеский самолет, уходивший от цели, и сбить его ракетой "воздух-воздух". Ещё один самолет был сбит зенитной ракетой над населенным пунктом Чарикар. Летчик генерал Рафик Мохаммад Сарвар (сын Мухаммада Сарвара Нурестани - одного из вдохновителей апрельской революции) был взят в плен после удачного катапультирования. Самолёт сбитый истребителями упал у н.п. Барфак, а его лётчик - командующий ВВС Дустума генерал-майор Гулям Мустафа погиб. Таким образом Дустум лишился сразу двух старших летчиков в один день (!).

26 января 1995 года самолёт Су-22М4 ВВС Дустума потерпел аварию на территории Таджикистана. Первоначально сообщалось, что два афганских самолёта нарушили границу и вторглись в таджикское воздушное пространство на 59 километров. Один из истребителей-бомбардировщиков потерял управление и упал, его лётчик заместитель командира эскадрильи подполковник Яздан Али катапультировался удачно. По уточненным данным афганцы перегоняли свои самолёты для ремонта и причиной аварии стала техническая неисправность изношенной техники.

3 августа 1995 года самолёт Ил-76ТД RA-76824 а/к "Аэростан" был принуждён к посадке талибским истребителем МиГ-21 (летчик п/п-к Гулям Джайлани Хан) в аэропорту Кандагар. Семеро членов экипажа арестованы. В этот день Талибам впервые удалось организовать контроль воздушного пространства над своей территорией. На дежурство была поставлена одна обзорная РЛС в Кандагаре и истребитель МиГ-21 с ракетами "воздух-воздух". Около 11:30 были обнаружены два транспортных самолета вошедшие в подконтрольное воздушное пространство, после чего в воздух был поднят истребитель. Настигнув оба транспортных самолета в 56 км от Кандагара, талибский летчик по радио приказал им немедленно произвести посадку в Кандагаре для досмотра груза. Оба экипажа ответили, что не могут выполнить запрос. Тогда летчик истребителя предупредил о применении оружия и начал строить заход в атаку. После этого оба самолета подчинились командам и сели в Кандагаре. Самолет B-727 авиакомпании "Ариана" был отпущен после досмотра, так как запрещенных грузов на его борту не оказалось (вылетел на Джелалабад), а вот в Ил-76 нашли груз оружия, что стало причиной его задержания.

11 сентября 1995 года пассажирский Ан-26Б YA-BAO авиакомпании "Ариана" совершал рейс Кабул - Джелалабад с 7 членами экипажа и 47 пассажирами на борту. Во время предпосадочного снижения оба двигателя самопроизвольно ушли на пониженную тягу, что потребовало от экипажа совершать посадку с невыпущенными закрылками на повышенной скорости. Удачно спланировав самолет коснулся земли, но тормозов не хватило, чтобы остановить его до конца полосы. Ан-26 вышел за её пределы и упал в ров с водой на западной окраине аэродрома. В результате крушения погибло трое человек, ещё 37 получили ранения различной степени тяжести.

1 ноября 1995 года одиночный самолет Су-22М ВВС Дустума (авиабаза Мазари-Шариф) наносил удар по аэродрому Кандагар, находящемуся в руках организации талибан. Машина была подбита огнем зенитной артиллерии и упала в округе Дара и Суф, провинции Саманган. Летчик Абдул Хафиз катапультировался, после чего был взят в плен.

26 сентября 1996 года самолет Ан-32 №350 ВВС Афганистана произвёл взлёт с аэродрома Кабул, имея на борту высокопоставленных лиц правительства Массуда,спасавшихся от наступавших Талибов. Экипаж даже не знал куда именно лететь. Вначале было решено взять курс на провинцию Тахкар, но вскоре стало ясно, что нигде в Афганистане ночью нельзя приземлиться... Тогда экипаж направился к аэродрому Термез, в Узбекистан. Посадку там долго не разрешали, но когда экипаж объявил о экстренной посадке из-за остатка топлива, посадочные огни включили. Самолет был интернирован узбекским правительством и передан своему союзнику Дустуму (его летчики перегнали борт в Мазари-Шариф). 

7 декабря 1996 года истребители МиГ-21 ВВС Талибов перехватили над Гератом самолёт принадлежавший ООН и принудили его к посадке на авиабазе Шинданд. Среди 9 человек находившихся на борту захваченного самолёта находился один из лидеров северного альянса Сайед Абдулло Нури. Он возвращался с мирных переговоров в Кундуз, контролируемый силами Рашида Дустума.

12 марта 1997 года, около 14:00 Кабульского времени, одиночный истребитель-бомбардировщик Су-22м-4к ВВС Дустума был перехвачен и сбит парой истребителей МиГ-21 ВВС Талибов над округом Бадгис. Летчик катапультировался и попал в плен.

29 октября 1997 года произошла катастрофа самолета Як-40 YA-KAE авиакомпании "Ариана". Воздушное судно выполняло четвертый за день полет по маршруту Джелалабад - Кабул, в рамках программы подготовки новых летчиков для авиакомпании. На борту находились курсанты и основной экипаж. В 13:30 местного времени, на взлете, самолет упал и разрушился. В результате крушения погибли один из летчиков и местный житель на земле.