По директиве ГШ СА от 18.04.1955 г. №орг/6/463856 на аэродроме Сарата Одесской области 28 ноября 1955 года сформирован 90-й Истребительный Авиационный Полк, "войсковая часть 64289", вошедший в состав Одесского корпуса противовоздушной обороны страны.

С января 1956 года на вооружение поступили самолеты МиГ-15бис.

29 апреля 1959 года полку вручено Красное Знамя и Грамота.

5 мая 1960 года полк перебазирован на аэродром Арциз /Червоноглинское/.

В июле полк перевооружен на Су-9.

15 сентября 1960 года в состав полка включена одна авиаэскадрилья на Як-25м в количестве 10 самолетов. Две эскадрильи осталось на самолетах Су-9 (22 самолета).

15 мая 1961 года полк включен в состав 21-й дивизии ПВО, которая была сформирована на базе Одесского корпуса ПВО. Дивизия вошла в состав 8-й ОА ПВО.

В октябре 1965 года взамен Як-25 полк получил 10 самолетов Як-28п.

1 июля 1967 года летный состав 3-й АЭ и 10 самолетов Як-28п переданы в 179-й иап.

В 1968 году полк переучился на самолеты Су-15.

В феврале 1980 года 90-й иап передан в состав ВВС ОдВО.

В 1983 году переформирован в 90-й Отдельный Штурмовой Авиационный Полк с перевооружением на самолеты Су-25.

Первой на Су-25 летом 1983 года переучилась 1-я эскадрилья. 2-я и 3-я АЭ некоторое время продолжали летать на Су-15.

Практически сразу после освоения нового типа личный состав задействован в выполнении «интернационального долга».

В период с 4 августа 1984 года по 20 октября 1985 года личный состав 1-й АЭ под командованием подполковника Шаповалова Н.В принимал участие в боях на территории Республики Афганистан в составе сначала 200-й о,шаэ а с 09.10.1984г. в составе сформированного 378-й ошап ВВС 40-й армии.

С 19 октября 1985 года по 4 ноября 1986 года в состав 378-го ошап убыл личный состав 2-й и 3-й эскадрилий. Полк дислоцировался на аэродромах Баграм и Кандагар.

За период с 12 октября 1985 года по 17 октября 1986 года выполнено 15 620 боевых вылетов, из них ночью 2510. Разрушено более 360 крепостей.

6 апреля самолет полковника Руцкого был сбит, летчик катапультировался. Вертолётами ПСО был эвакуирован.

Боевые потери полка — один летчик сбит при выполнении разведывательного полета, четыре самолета Су-25.

Награждены: командир полка полковник Руцкой А. В. и командир звена 2-й аэ лейтенант Гончаренко представлены к званию Героев Советского Союза. 130 офицеров и прапорщиков награждены орденами и медалями.

На основании директивы ГШ от 22 июля 1989 года 90-й ошап полностью расформирован, личный состав направлен на доукомплектование других частей 5-й ВА ОдВО, 40 самолетов Су-25 и 6 Су-25УБ переданы в на базу хранения и в авиацию ВМФ в 299-й ошап аэродром Саки.