23 июня 1984 потерян самолет Northrop F-5F №200 20-й аэ ВВС Судана, совершавший боевой вылет ведущим пары с аэродрома Джуба. Выйдя в назначенный район удара, летчики не смогли распознать позиции противника из-за плотного схождения наземных боевых порядков. Опасаясь нанести удар по своим ведущий снизился на предельно малую высоту и был поражен ракетой ПЗРК "Стрела-2" в момент набора высоты после прохода. Экипаж в составе бригадира Османа Аль-Доу и капитана Исам Хашима погиб.
13 марта 1985 потерпел катастрофу вспомогательный транспортный самолет DHC-5 "Buffalo" №833 ВВС Судана, доставлявший груз гуманитарной помощи для беженцев. Крушение произошло на взлёте с посадочной площадки Акобо, в верховьях Нила. Четверо членов экипажа погибли: подполковник Абд аль-Джалиль Мухтар Абдулла (командир), майор Тахир аль-Бадави Ибрагим (второй пилот), капрал Авад Муса (техник) и ланс-капрал Саид Отман Фадла'и (техник). Представители южно-суданских боевиков заявили, что сбили самолет.
13 октября 1985 в ходе выполнения боевого задания в районе н.п. Бор потерян самолет F-5E 20-й аэ ВВС Судана. Взлёт с аэродрома Джуба с задачей нанести бомбовый удар по объектам противника. Самолет управляемый летчиком Махмудом Абд аль-Джаббаром разбился в процессе возвращения с задания. Причина не известна, летчик погиб.
25 октября 1985 в процессе показательного полета потерпел катастрофу самолет F-5E 20-й аэ ВВС Судана. Летчик к-н Хамид Анкабо произвел взлёт с аэродрома Джуба одиночно и приступил к выполнению фигур высшего пилотажа над районом города, где проводилось празднование дня национальной армии. В ходе очередного прохода на малой высоте летчик выполнил полубочку и в перевернутом положении столкнулся с землей. Кроме управлявшего самолетом офицера погибла женщина, наблюдавшая за праздником с земли. Причина катастрофы - потеря пространственной ориентировки. Фактически это был последний исправный самолет типа F-5 в ВВС Судана.
16 августа 1986 южно-суданскими повстанцами сбит гражданский самолет Fokker F-27 ST-ADY авиакомпании "Sudan Airways", совершавший пассажирский рейс из Малакал в Хартум. Сразу после взлёта лайнер был поражен ракетой ПЗРК "Стрела-2", упал и сгорел. Все находившиеся на борту 3 члена экипажа и пассажиры погибли.
6 января 1987 потерпел аварию истребитель F-6 (?) ВВС Судана. Самолет управляемый п/п-ком Мохи аль-Дин Мухаммадом Абдулла выполнял задание по визуальной разведке местности в районе н.п. Бор, где отряды партизан держали в осаде гарнизон правительственных войск. Возвращаясь с задания, при выполнении посадки на аэродроме Джуба, самолет сошел с ВПП и получил сильные повреждения. Летчик не пострадал.
5 мая 1987 южно-суданскими повстанцами сбит чартерный самолет Cessna-404 ST-AIJ авиакомпании "SASCO", пилотируемый экипажем из двух датчан командира Эда Фольмана и второго пилота Тэо Коэлена. Ракета ПЗРК "Стрела-2" поразила взлетавший с аэродрома Малакал самолет, в результате чего все находившиеся на борту 13 человек погибли.
15 декабря 1987 южно-суданскими повстанцами сбит самолет МиГ-23МС ВВС Судана. Самолет наносил бомбовый удар по позициям боевиков у н.п. Курмук и был поражен ракетой ПЗРК "Стрела-2" на выходе из атаки. Летчик майор Мухаммед Фуад Заки пытался катапультироваться из потерявшего управление самолета, но неудачно. Его тело опознали по авторучке в кармане мундира...
23 января 1988 боевая потеря самолета МиГ-23МС №06916 (?) ВВС Судана. Истребитель пилотируемый летчиком к-ном Хассан Абдалла Османом в составе пары наносил удар по командному пункту боевиков у деревни Ильи, в 5 км от н.п. Торит, в 14:45 местного времени. Ответным огнем с земли самолет был подбит и разбился при попытке сесть на аэродроме Джуба. Погибший летчик имел большой опыт и начинал летать ещё на самолетах типа F-5. Это был уже второй потерянный МиГ-23 из числа машин подаренных Судану правительством Ливии.
11 декабря 1988 совершили вынужденную посадку вне аэродрома два самолета МиГ-23МС ВВС Судана, пилотируемые ливийскими летчиками майором Салах Раджабом и младшим лейтенантом Сулейманом аль-Шитати. Оба истребителя были переданы из состава ВВС Ливии в дар Судану и опознавательные знаки ещё не были перекрашены. В ходе перелета незнакомые с местностью летчики уклонились от курса и после полной выработки топлива, в 14:00 местного времени, пошли на вынужденную посадку в поле у н.п. Насир области Торит (там была заброшенная грунтовая полоса). Самолет ведущего на пробеге полностью разрушился, а пилотировавший его майор Раджаб получил серьёзные травмы. Гораздо успешнее прошла посадка для младшего лейтенанта Сулеймана Халифы аль-Шитати, его МиГ-23МС №06918 разломился на пробеге, но в остальном остался почти целым, и летчик не пострадал. Так как посадка произошла в районе контролируемом южно-суданскими повстанцами, оба ливийца попали в плен и были отпущены в результате дипломатических переговоров, в обмен на обещание Ливии более не вмешиваться во внутри-суданские дела.
21 января 1989 южно-суданскими повстанцами сбит самолет F-6 ВВС Судана, пилотируемый высокопоставленным офицером полковником Мухтаром Мухаммедина. С целью деблокады окруженного гарнизона Насир правительственными силами было организовано наступление. Для оказания воздушной поддержки на аэродром Эд-Дамазин были переброшены два истребителя F-6 (МиГ-19), пилотируемые летчиками п-ком Мухтаром Мухаммедина и м-ром Ахмадом Адамом. Уже в одном из первых боевых вылетов в двигатель одного из самолетов попала птица, поэтому все дальнейшие полеты выполнялись одиночно. В основном летал п-к Мухаммедина. За два дня наступления правительственных сил он выполнил 9 боевых вылетов. Для уничтожения назойливого самолета партизанами была организована засада с использованием ПЗРК "Стрела-2". По самолету было выполнено три пуска подряд, и после попадания одной ракеты самолет упал в 5 км от н.п. Насир, области Торит. Летчик п-к Мухтар Мухаммедина погиб.
Мухтар Мухаммедина родился в 1949 году и был одним из опытнейших летчиков в Судане. Его именем назван военный сектор аэропорта Хартум. Посмертно присвоено звание генерала.
25 июля 1992 потерпел катастрофу самолет C-130 ВВС Судана, выполнявший транспортный рейс из Хартума в Джубу. При заходе на посадку самолет попал в область приземного тумана и столкнулся с землей.
22 октября 1996 совершен побег на самолете F-6 ВВС Судана. Летчик л-т Ахмед Абу аль-Кассим совершал рутинный тренировочный полет, в ходе которого изменил курс и произвел посадку на аэродроме Джидда в Саудовской Аравии, попросив политического убежища. Самолет возвращен Судану 26-го октября.
