Партизаны ФНОФМ длительное время вели борьбу против правительства Сальвадора, пройдя долгий путь от небольших разрозненных отрядов до хорошо вооруженных и дисциплинированных подразделений. К концу 80-х годов на вооружение ФНОФМ поступили ПЗРК "Стрела-2", "Игла" и "Редай", позволившие успешно бороться с правительственной боевой авиацией. Стоит отметить, что не только летательные аппараты ВВС Сальводора были в числе целей партизанских зенитчиков, за время боевых действий было сбито много легкомоторных самолетов опылявших хлопковые поля провинции Усулутан. Хлопок являлся основной статьёй дохода провительства и ФНОФМ любой ценой старались помешать этому бизнесу. Пик потерь среди сельскохозяйственной авиации пришелся на октябрь-декабрь 1982 года (всего за 1982 год от огня партизан потеряно 13 легкомоторных самолетов компании "Коттон Гровер Ассациэйшн", за 1984 год 12, за 1985 год 6). В дальнейшем правительственным войскам удалось наладить охрану хлопковых полей и снизить потери гражданских летчиков, но не исключить их полностью. Например 20 июня 1988 года группа людей одетых в гражданское обстреляла самолет опылявший поля у Санта Марты. При выполнении вынужденной посадки аэроплан разбился, а летчик Жозе Эвелиа Хернандес Кабрера получил серьёзные травмы.

25 января 1981 года, в 6:00 утра, над департаментом Усулутан был обнаружен легкий самолет сбрасывавший партизанам ФНОФМ груз оружия. Истребители MD.450 Ouragan ВВС Сальвадора сбили нарушителя. К этому моменту он успел сбросить два контейнера с 70 автоматами. Самолет загорелся и упал у н.п. Сан Маркос Лемпа. Оказалось что сбитый двухмоторный Piper "Aztec" имел костариканскую госрегистрацию TI-ALV и пилотировал его косториканец Джулио Ромеро Талавера.

27 января 1982 года отряд партизанских коммандос численностью около 100 человек совершил дерзкий рейд на главную авиабазу ВВС Сальвадора в Илопанго. Им без особого труда удалось подавить сопротивление слабого гарнизона оборонявшего стоянки авиатехники (всего около 20 правительственных солдат, вооруженных винтовками образца 1938 года несли дежурство по периметру аэродрома). До подхода подкреплений партизанами ФНОФМ были уничтожены 5 истребителей MD.450 Ouragan (FAS-700/701/703/707/713), 7 вертолетов UH-1H (FAS-240/241/243/244/247/250/252) и 3 транспортных самолета C-47 (FAS-101/107/108). Это был ощутимый удар по авиации небольшой страны. Только срочные поставки из США крупных партий самолетов А-37B "Dragonfly" и вертолетов UH-1M "Huey" смогли исправить положение.

23 декабря 1983 года в ходе проведения армейской операции в горном районе Барриос, провинции Маразан, вертолет UH-1H ВВС Сальвадора осуществлял доставку подкреплений и оборудования действующим войскам. В районе боев вертолет попал под плотный огонь стрелкового оружия и получил значительные повреждения. Командир вертолета Марко Куэблар Гонсалес был убит прямым попаданием пули. Второй пилот сумел вовремя перехватить управление и привел вертолет на базу Сан Франциско Готера.

21 марта 1984 года военно-транспортный самолет C-123K Provider FAS-120 ВВС Сальвадора совершал перевозку коробок с бланками для голосования на президентских выборах. В 3ч 15м самолет коснулся посадочной полосы площадки Обраджуэло, провинции Сан Мигель, после чего сдетонировали три мины выставленные партизанами ФНОФМ прямо на полосе. В результате взрывов были оторваны основные стойки шасси, повреждены топливные баки и левый двигатель, двое членов экипажа получили ранения. Самолет был списан. Отмечается, что партизаны уже производили минирование этой полосы ранее, в результате чего 21-го января подорвался легкий гражданский самолет, с гибелью одного пассажира.

23 октября 1984 года вертолет UH-1M ВВС Сальвадора перевозивший высокопоставленных офицеров в район боевых действий был сбит партизанами ФНОФМ огнем пулемета М-60. Под обломками машины, упавшей у н.п. Джоатека, департамента Моразан, погибли все 14 человек, находившиеся на борту. Среди погибших были старший полевой командир п/п-к Доминго Монтероссо, летчики сеньер теньенте Маурицио Дуарте Аревало Артуро, Артуро Эразо Арминтори Апарико, Оскар Виллегас Рафаэль Гуэвара. Вертолет сбил отряд Рамона Арке Заблана в 16:50 местного времени.

13 мая 1986 года вертолет UH-1H FAS-204 ВВС Сальвадора потерпел катастрофу в районе н.п. Керро ла Курена, департамента Усулутан, во время эвакуации раненых солдат. Все восемь человек находившиеся на борту погибли, включая летчиков суб теньенте Рикардо Эрнесто Кочез Бонданза и суб теньенте Эстебана Херрера Жозе Пиментеля. Партизаны ФНОФМ заявили что сбили вертолет огнем стрелкового оружия, но пресс служба правительства заявила, что причина крушения плохие погодные условия.

12 ноября 1989 года боец партизанского отряда ФНОФМ выстрелом из снайперской винтовки Драгунова сбил легкий штурмовик A-37B FAS-429 69-6384 ВВС Сальвадора над н.п. Сан Мигель. Летчик, командир эскадрильи, п-к Милтон Антонио Андраде Кабрера выполнял третий заход для подавления зенитных средств, когда в него попала пуля. Полковник Андраде стал терять сознание и потерял управление, каким то чудом ему удалось покинуть борт а его напарник сеньер теньенте Рене Антонио Пинеда Аргуэта погиб. Спасательный вертолет UH-1H подобрал раненого летчика.

5 декабря 1989 года огнем стрелкового оружия партизаны сбили наблюдательный самолет Cessna O-2А FAS-611 ВВС Сальвадора в департаменте Усулутан. Летчик теньенте Хосе Сигфредо Родас Силиэзар погиб. Самолет выполнял заход на обнаруженную группу партизан и успел пустить несколько неуправляемых ракет, но тут же был поражен ответным огнем.

20 ноября 1990 года в ходе боевого вылета ракетой ПЗРК "Игла" сбит легкий штурмовик A-37B FAS-431 ВВС Сальвадора. Летчик теньенте Хернандес Дуэнас катапультировался удачно, а его напарник суб теньенте Амая Эдуардо Антонио Эскобар погиб при покидании самолета у н.п. Санта Элена, департамента Усулутан. Ракета попала в правый двигатель.

20 ноября 1990 года партизаны ФНОФМ обстреляли из самодельных минометов авиабазу ВВС Сальвадора в Илопанге. В результате попадания мины был сильно поврежден и позже списан наблюдательный самолет Cessna O-2 FAS-622.

26 ноября 1990 года партизаны сбили вертолет UH-1M FAS-223 ВВС Сальвадора. Экипаж был вынужден выполнять маловысотный полет из-за угрозы со стороны ПЗРК, в результате борт был подбит огнем стрелкового оружия. Летчик и его помощник получили легкие травмы.

4 декабря 1990 года, в 9:10, при помощи ПЗРК "Игла" партизаны сбили самолет AC-47 FAS-124 ВВС Сальвадора осуществлявший непосредственную поддержку наземных войск в районе Ла Лагуна, департамента Чалатенанго. Экипаж "ганшипа" в составе летчика к-на Рейнальдо Мартина Ночез Маррокуина, второго летчика теньенто Рикардо Лара Умберто Гусмана, младших авиационных специалистов Джэйми Ивана Лопес Зелада, Йохальмо Круз Ривера, Нефтали Исаак Хернандеса, Антонио Мата Хектор Кальдерона - погиб.

19 декабря 1991 года бойцами ФНОФМ сбит вертолет UH-1H FAH-940 ВВС Гондураса, случайно вторгшийся на территорию Сальвадора. Экипаж из трех человек, в составе летчика капитана Лорандо Лара, его помощника мл.л-та Марвина Кабанаса и бортмеханика сержанта Эфраина Межиа, выполнял наблюдательный полет вдоль границы с Сальвадорам и из-за плохой погоды вторгся в воздушное пространство сопредельной страны. Над департаментом Моразан, 15 километров вглубь Сальвадорской территории, по вертолету открыли огонь партизаны ФНОФМ, в результате чего машина потеряла управление и упала на землю. В ходе расследования причин падения представители ВВС Гондураса отметили, что оба летчика были ещё живы в течение 4-6 часов и скончались из-за отсутствия медицинской помощи, а бортмеханик был убит выстрелами с близкого расстояния. Ответственность за произошедшее возложили на ФНОФМ. Те в свою очередь сослались на схожесть типа сбитого вертолета с применяемыми в ВВС Сальвадора.